Reforma e Contra-Reforma
Martinho Lutero
O descontentamento com a Igreja tornou-se patente com as pregações de Martinho Lutero, a partir de 1517, desencadeando a Reforma protestante. Suas conseqüências foram amplas: ultrapassaram o âmbito religioso e provocaram movimentos e conflitos sociais. Poucos anos após um levante dos Cavaleiros Imperiais, teve lugar em 1525 a Guerra dos Camponeses, o primeiro movimento revolucionário da história alemã. Aliando aspirações políticas e sociais, ele foi reprimido violentamente. Os principais beneficiados da Reforma, depois de acirradas lutas, foram os príncipes territoriais. Com a Paz Religiosa de Augsburg, em 1555, eles conquistaram o direito de determinar a religião dos seus súditos. A religião protestante foi reconhecida em pé de igualdade com a católica, selando-se assim a divisão religiosa da Alemanha.
No tempo da Reforma protestante, o imperador Carlos 5º (1519–1556) ocupava o trono. Por direito hereditário, ele tornara-se senhor do maior império do mundo desde o de Carlos Magno. Muito ocupado com seus interesses políticos internacionais, porém, ele não conseguiu conter a ebulição interna na Alemanha. Abdicou do trono, e então o império mundial foi dividido. Os estados nacionais da Europa Ocidental e os estados territoriais alemães constituíam a Europa do século 16.
Quando a Paz Religiosa de Augsburg foi firmada, em 1555, 80% da Alemanha era protestante. Mas nem por isso a luta religiosa cessara. Nas décadas seguintes, a Igreja Católica conseguiu recuperar muitas regiões com a Contra-Reforma. As diferenças acentuaram-se, formaram-se partidos religiosos, até que um conflito local na Boêmia (a "Defenestração de Praga") desencadeou a Guerra dos Trinta Anos. O conflito acabou se alastrando por toda a Europa. Entre 1618 e 1648, foram arrasadas grandes regiões da Alemanha, e sua população foi dizimada.
A guerra foi encerrada com a Paz de Vestfália, conjunto de tratados firmados em 1648. A Alemanha perdeu territórios para a França e a Suécia, e o desmembramento da Suíça e da Holanda do império foi confirmado. Aos estados foram assegurados todos os direitos essenciais de soberania em questões religiosas e seculares, permitindo-lhes formar alianças com parceiros internacionais.
Ao fim da guerra, os estados territoriais alemães, quase soberanos, seguiram o exemplo da França e adotaram o absolutismo – caracterizado por um soberano com poderes ilimitados, estruturas administrativas rígidas, economia financeira organizada e a formação de exércitos permanentes. A política econômica mercantilista fortalecia economicamente os estados absolutistas. Os principais se tornaram centros independentes: Baviera, Brandemburgo, Saxônia e Hannover.
A Áustria, que conseguira conter a invasão turca e havia incorporado a Hungria e parte dos Bálcãs, tornou-se uma grande potência. No século 18, ela ganhou um rival, a Prússia, que se formara a partir de Brandemburgo e se transformou numa grande potência militar durante o reinado de Frederico, o Grande (1740–1786).